Japanese encephalitis mempunyai tempoh pengeraman sekitar 5 hingga 15 hari dan kebanyakan jangkitan adalah asymptomatik: hanya 1 dalam 250 jangkitan menjadi encephalitis.

Beberapa kesan teruk menandakan permulaan penyakit ini pada manusia. Demam, pening dan lesu adalah simptom tidak khusus penyakit ini yang mungkin berpanjangan bagi tempoh antara 1 hingga 6 hari. Tanda yang terjadi semasa tahap encephalitic teruk termasuk leher kejang, cachexia, hemiparesis, kejang dan suhu badan tinggi antara 38 dan 41 darjah Selsius. Kecacatan otak terjadi akibat penyakit ini biasanya mengakibatkan koma. Kematian akibat penyakit ini berbeza tetapi biasanya lebih tinggi dikalangan kanak-kanak. Penyebaran merentasi tembuni telah dilihat. Kecacatan neurological sepanjang hayat seperti pekak, gangguan emosi (lability) dan hemiparesis mungkin berlaku kepad amerka yang mempunyai kes pembabitan sistem saraf tunjang. Dalam kes yang diketahui sesetengah kesan termasuk mual, pening, sakit kepala, demam, muntah, dan kadang-kala buah zakar bengkak.